小檗堿的服用周期需根據具體病情調整，通常建議連續服用7-14天，長期使用需遵醫囑。療程長短與感染類型、個體代謝差異、藥物反應性、基礎疾病控制、復診評估等因素相關。
細菌性腹瀉或腸道感染一般需7天療程，幽門螺旋桿菌輔助治療需10-14天。急性癥狀緩解后繼續用藥2-3天可降低復發風險。
肝功能異常者藥物清除率下降，建議縮短單次療程至5-7天。老年人腎小球濾過率降低，需間隔用藥避免蓄積。
服用3天內癥狀未緩解應復診調整方案。出現皮疹或轉氨酶升高需立即停藥，過敏體質者慎用。
糖尿病輔助治療可間歇性用藥，每月服用10天停20天。高脂血癥患者建議3個月周期后評估血脂變化。
聯合抗生素使用時需嚴格遵循14天限定期。長期服用者每3個月需檢測肝腎功能及腸道菌群平衡。
日常可搭配低脂高纖維飲食，如燕麥、蘋果促進藥物吸收；避免與鈣劑同服影響藥效。用藥期間建議每周3次有氧運動增強代謝，出現腹痛或黑便需立即就醫。建立用藥記錄表追蹤癥狀變化與不良反應，治療結束后復查便常規確認病原體清除情況。
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