阿莫西林與某些藥物合用可能降低藥效或增加不良反應風險，需避免與丙磺舒、甲氨蝶呤、口服避孕藥、活菌疫苗、抗凝藥物等合用。
1、丙磺舒：
丙磺舒會競爭性抑制阿莫西林經腎臟排泄，導致血藥濃度升高。兩者合用可能引發頭痛、惡心等不良反應，嚴重時可出現結晶尿或腎功能損害。使用阿莫西林期間需暫停丙磺舒類痛風治療藥物。
2、甲氨蝶呤：
阿莫西林可減少甲氨蝶呤的腎臟清除率，增加骨髓抑制風險。腫瘤患者接受甲氨蝶呤化療時，可能出現白細胞減少、口腔潰瘍等毒性反應。建議間隔72小時以上使用。
3、口服避孕藥：
抗生素可能降低炔雌醇等避孕成分的腸肝循環效率。合用期間避孕失敗率上升，常見突破性出血癥狀。需采取屏障避孕等備用措施直至停藥后7天。
4、活菌疫苗：
阿莫西林對傷寒、卡介苗等活菌疫苗有滅活作用。接種后2周內使用抗生素可能導致免疫應答失敗，表現為抗體滴度不足。建議優先完成疫苗接種程序。
5、抗凝藥物：
華法林與阿莫西林聯用會增強抗凝效果，可能引發出血傾向。患者可能出現牙齦出血、皮下瘀斑，國際標準化比值波動超過3.0時需調整劑量。
服用阿莫西林期間應保持每日2000ml飲水量，避免酒精及高纖維飲食影響吸收。建議用藥后1小時內避免含鈣、鎂的乳制品，服藥間隔需與鐵劑、鋅劑等微量元素補充劑錯開2小時。出現嚴重腹瀉或皮疹時應立即就醫評估是否需更換抗生素。
