黑色素瘤主要分為四種臨床病理類型。皮膚黑色素瘤是最常見的類型，包括淺表擴散型、結節型、惡性雀斑樣痣型和肢端雀斑樣痣型；黏膜黑色素瘤可發生于口腔、鼻腔等部位；眼部黑色素瘤多累及葡萄膜；罕見類型包括無色素性黑色素瘤和兒童黑色素瘤。
淺表擴散型黑色素瘤約占70%，早期表現為不規則斑片，邊緣呈鋸齒狀。結節型黑色素瘤進展較快，病灶呈隆起性結節，易發生早期轉移。惡性雀斑樣痣型好發于老年人曝光部位，初期為緩慢擴大的色素斑。肢端雀斑樣痣型多見于亞洲人，好發于手掌、足底等部位。
黏膜黑色素瘤占所有病例的1%-2%，常見于上呼吸道、消化道及泌尿生殖道黏膜。眼部黑色素瘤起源于葡萄膜，包括虹膜、睫狀體和脈絡膜三個亞型，其中脈絡膜黑色素瘤最為多見。
無色素性黑色素瘤因缺乏黑色素沉積易被誤診，需通過免疫組化確診。兒童黑色素瘤較為罕見，可能與先天性痣相關，其生物學行為與成人有所不同。所有類型的確診均需依靠組織病理學檢查，必要時需結合免疫組化標記。
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