食物不耐受可能自行緩解，具體與不耐受類型、誘因及個體差異有關。主要影響因素包括不耐受食物回避時間、腸道功能恢復、免疫調節能力、年齡因素以及基礎疾病控制情況。
1、回避時間：
短期食物不耐受在徹底回避致敏食物3-6個月后，部分人群癥狀可逐漸消失。如乳糖不耐受者停止攝入乳制品后，腸道乳糖酶活性可能緩慢恢復。但慢性或免疫介導的不耐受如麩質敏感往往需要長期甚至終身回避。
2、腸道修復：
腸黏膜屏障功能改善有助于減輕不耐受反應。通過補充益生菌、膳食纖維等促進腸道菌群平衡，修復受損腸壁，可降低食物蛋白的異常免疫應答。這種情況常見于嬰幼兒期暫時性牛奶蛋白不耐受。
3、免疫調節：
部分非IgE介導的遲發型不耐受可能隨免疫系統成熟而改善。兒童期雞蛋/大豆不耐受約50%在學齡期可耐受，這與Th2型免疫反應減弱有關。但成人新發的不耐受通常難以自愈。
4、年齡因素：
嬰幼兒消化系統發育不完善導致的不耐受如輔食添加早期的食物反應，多數在3歲后隨著消化酶分泌增加而自愈。老年性乳糖酶缺乏則屬于不可逆的退化性改變。
5、疾病影響：
繼發于腸易激綜合征、腸道感染后的不耐受癥狀，在原發病控制后可能緩解。但自身免疫性疾病如乳糜瀉相關的麩質不耐受需嚴格終身無麩質飲食。
建議記錄飲食日記監測癥狀變化，優先選擇低敏食物如大米、綠葉蔬菜、蘋果等。烹飪方式推薦蒸煮燉以降低抗原性，避免生冷刺激。適度運動可改善腸道蠕動功能，但劇烈運動可能加重腸漏。定期復查IgG抗體水平，嬰幼兒建議每6-12個月在醫生指導下嘗試小劑量激發試驗。合并營養不良者需在營養師指導下補充維生素D、鈣等營養素。
