門靜脈血栓多數情況下可以治愈，具體取決于血栓形成時間、范圍及患者基礎疾病情況。早期發現并規范治療能顯著改善預后，慢性期患者需長期管理以預防并發癥。
1、急性期門靜脈血栓治療：
發病2周內的新鮮血栓通過抗凝治療可完全溶解。低分子肝素與華法林是常用抗凝藥物，需監測凝血功能。合并腸系膜缺血時需緊急手術取栓，術后繼續抗凝6個月以上。此階段治愈率可達70%-90%，關鍵指標為門靜脈血流完全恢復。
2、亞急性期門靜脈血栓處理：
發病2周至6個月的血栓已部分機化，抗凝治療可防止擴展但難以完全溶解。需通過超聲定期評估側支循環建立情況，若出現門靜脈海綿樣變需考慮經頸靜脈肝內門體分流術。此階段重點在于預防門脈高壓相關出血，約50%患者可實現臨床治愈。
3、慢性期門靜脈血栓管理：
超過6個月的血栓已完全纖維化，治療目標轉為控制門脈高壓并發癥。終身抗凝可降低腸系膜靜脈再血栓風險，食管胃底靜脈曲張者需內鏡下套扎或組織膠注射。部分患者最終需行脾切除+賁門周圍血管離斷術，治愈標準為并發癥得到有效控制。
門靜脈血栓患者需終身低鹽低脂飲食，每日鈉攝入控制在3克以內，避免腌制食品。適度有氧運動如步行、游泳可促進血液循環，但需避免腹部撞擊類運動。每3個月復查凝血功能、超聲及胃鏡，肝硬化患者需同步監測肝功能。出現嘔血、劇烈腹痛等急癥需立即就醫，門脈高壓患者建議接種乙肝疫苗和肺炎疫苗。
