生殖器皰疹的潛伏期通常為2至12天，平均約4至5天。初次感染后病毒可能長期潛伏于神經節，在免疫力下降時復發。
初次接觸單純皰疹病毒2型后，多數患者在2至12天內出現癥狀。早期表現為局部灼熱感或刺痛，隨后發展為簇集性小水皰，伴隨腹股溝淋巴結腫大。部分感染者癥狀輕微甚至無癥狀，但仍具有傳染性。
病毒初次感染后會潛伏于骶神經節，當機體遭遇感冒、疲勞、月經等免疫力下降情況時，病毒可沿神經軸突遷移至皮膚黏膜導致復發。復發前常有局部瘙癢、刺痛等前驅癥狀，皮損范圍通常較初發時局限，病程約7至10天。
日常需保持患處清潔干燥，避免搔抓；穿著透氣棉質內衣減少摩擦；復發期間禁止性接觸。飲食宜清淡，限制辛辣刺激食物，適當補充富含賴氨酸的乳制品、魚類；規律作息有助于減少復發頻率。出現頻繁復發或全身癥狀需及時就醫評估抗病毒治療方案。
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