長期過量服用酸棗仁可能出現胃腸不適、過敏反應、肝腎功能異常等不良反應。酸棗仁作為中藥材，需在醫生指導下合理使用，避免自行長期大量攝入。
酸棗仁含有皂苷類、黃酮類等活性成分，常規劑量短期使用有助于改善睡眠和焦慮。但長期過量服用可能刺激胃腸黏膜，引發惡心、腹脹或腹瀉，尤其對脾胃虛弱者更明顯。部分人群可能對酸棗仁中蛋白質成分過敏，出現皮膚瘙癢、紅疹甚至呼吸困難等反應。動物實驗顯示極高劑量酸棗仁可能影響肝臟代謝酶活性，臨床雖罕見肝腎損傷案例，但長期用藥者仍需定期監測肝腎功能。酸棗仁與鎮靜類藥物聯用可能增強中樞抑制作用，老年人或體弱者需警惕嗜睡、頭暈等疊加效應。
酸棗仁傳統用于心肝血虛型失眠，但實證熱證患者服用可能加重煩躁癥狀。藥材儲存不當產生霉變時，黃曲霉素污染會顯著增加肝臟毒性風險。孕婦及哺乳期婦女缺乏安全性研究數據，兒童消化系統發育未完善，均不建議長期服用。酸棗仁煎煮時間不足可能導致皂苷類成分刺激咽喉，引發咳嗽或黏膜不適。
使用酸棗仁期間應觀察排便情況及皮膚反應，出現不適立即停用并就醫。建議每周連續服用不超過5天，避免與酒精、安眠藥同服。日常可搭配蓮子、百合等安神食材交替使用，保持睡眠環境安靜黑暗，建立規律作息比單純依賴中藥更重要。陰虛火旺者可咨詢中醫師配伍麥冬、生地等滋陰藥材平衡藥性。
