時至今日，藥物流產已在國內大規模使用。在大多數采取此種流產方式的人士看來:此項新技術效果可靠，使用方便，損傷輕，痛苦小，早孕婦女可接受性高。
但事物終歸是有其兩面性，藥物流產也帶來令人憂思的新問題。
主要問題是藥物流產后出血時間偏長，約占20％的患者出血持續10~15天，甚至長達近兩個月，失血量顯著大于負壓吸宮術。主要原因是殘留蛻膜排除不完全，子宮內膜恢復欠佳。目前，藥物流產的成功率只有90%左右，約有10%的婦女在使用藥物流產后，因流產失敗或出血過多、時間過長而仍舊需要接受刮宮術。
據臨床調查，某些醫院婦產科應用藥物流產人數明顯少于計劃生育研究所和一般醫療單位(包括私人診所)，其主要原因是對藥物流產認識上的差異。部分專科醫師認為藥物流產療程長，觀察隨訪不方便，不如吸宮術快捷、利索，因而對藥物流產持保留態度。另外，由于開展藥物流產相對容易，而且經濟效益可觀，驅使少部分醫務人員不按規定篩選孕婦，不嚴格掌握適應癥，甚至濫用，導致不應有的并發癥增加，如流產后出血時間延長患者比例上升等，有些已釀成嚴重后果。
據吉林、西安開展藥物流產上千例的兩個醫療單位不完全調查統計，未婚先孕者所占比例分別為26.4％和37.7％，年齡最小為15歲，甚至有的已是第二次流產。藥物流產并非人人適用，它有一定的適應證，"入選"的孕婦應該有6個條件:①年輕的初孕婦女或未產婦女;②近一個月內不離開本埠;③有條件在設施完善的醫療機構就近就醫;④停經少于49天;⑤B超顯示宮內妊娠，胎囊平均直徑小于20毫米;⑥孕婦沒有心、肝、腎、生殖、內分泌系統疾病，無煙酒嗜好。凡孕期長、胎囊大、年齡大、孕次多、半年內有過人工流產史或剖宮產史、處于產后哺乳期、子宮畸形或合并子宮肌瘤的孕婦，均不適宜藥物流產。
