肛管癌的早期發現主要依靠肛門指檢、肛門鏡檢查和病理活檢三種方法。肛門指檢是醫生通過手指觸診肛門及直腸下端，可發現約70%的肛管腫瘤；肛門鏡檢查能直觀觀察肛管黏膜異常；病理活檢則是確診的金標準。
高危人群需重點關注以下早期癥狀：肛門出血是最常見表現，約80%患者出現便后滴血或糞便帶血；肛門疼痛可能呈持續性或排便時加重；肛門瘙癢或異物感容易被誤認為痔瘡；部分患者可觸及肛門周圍硬結。這些癥狀持續2周以上應盡早就診。
具有高危因素者建議每年篩查一次，包括HPV感染者、長期肛周慢性炎癥患者、免疫功能低下人群及有肛管癌家族史者。40歲以上人群出現肛門不適癥狀超過1個月，需進行專業檢查。
早期肛管癌經規范治療5年生存率可達80%以上，但進展期會顯著下降至40%左右。臨床中約30%患者因將出血誤認為痔瘡而延誤診斷，確診時已屬中晚期。肛門指檢聯合肛門鏡檢查對早期病變的檢出率超過90%。
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