肛門閉鎖多數情況下可以治愈，具體取決于畸形類型、嚴重程度及是否合并其他先天性疾病。通過手術重建肛門功能，配合術后康復訓練，多數患兒可獲得正常排便能力。
1、單純性低位肛門閉鎖：
此類畸形直腸盲端距離會陰皮膚較近，治愈率超過90%。新生兒期行會陰肛門成形術后，排便功能通常接近正常。術后需定期擴肛防止狹窄，堅持排便訓練至學齡前。注意觀察有無污糞現象，及時調整飲食結構，增加膳食纖維攝入。
2、中高位閉鎖合并瘺管：
直腸盲端位置較高或合并直腸尿道瘺等情況，需分期手術。先行結腸造瘺解除梗阻，6個月后實施肛門直腸成形術。術后可能出現暫時性排便失禁，通過生物反饋訓練和提肛運動，約70%患兒在青春期前能建立自主控便能力。需預防泌尿系感染，定期評估骶神經功能。
3、復雜畸形合并脊柱異常：
伴有骶骨發育不良或脊髓栓系綜合征者預后較差。即使成功實施肛門重建手術，也可能遺留頑固性便秘或失禁。需要多學科協作治療，包括神經外科干預、腸道管理計劃。此類患兒需終身進行腸道功能訓練，必要時采用灌腸輔助排便。
術后護理需注重肛門清潔，使用溫水沖洗代替擦拭。飲食上增加火龍果、燕麥等富含膳食纖維的食物，控制奶制品攝入量。每日進行提肛運動和腹部按摩，建立固定排便時間。學齡期患兒可參與游泳等增強盆底肌力的運動，定期復查肛門直腸測壓和超聲檢查。合并脊柱畸形者需避免劇烈跳躍運動，防止加重神經損傷。
