藿香正氣片可能存在副作用，常見不良反應包括胃腸不適、皮膚過敏等，特殊人群需謹慎使用。
藿香正氣片含蒼術、陳皮等成分，可能刺激胃腸黏膜，部分患者服藥后會出現惡心、腹脹或腹瀉。胃腸功能較弱者建議餐后服用，出現持續腹痛需停藥就醫。該藥不宜與辛辣食物同服，可能加重消化道反應。
個別患者對廣藿香、白芷等中藥成分敏感，可能引發皮疹、皮膚瘙癢等過敏反應。過敏體質者首次服用應減半劑量觀察，出現蕁麻疹或面部水腫應立即停藥，必要時需使用抗組胺藥物緩解癥狀。
配方中的半夏具有鎮吐作用，但過量可能引起嗜睡、頭暈等中樞神經系統癥狀。駕駛員或高空作業者應避免服用，服藥期間禁止飲酒，酒精會增強中樞抑制作用。
甘草中的甘草酸可能影響電解質平衡，長期大劑量服用會導致低鉀血癥。糖尿病患者需監測血糖，與降糖藥聯用可能增強藥效，出現心悸、冷汗等低血糖癥狀時應及時處理。
孕婦禁用該藥，其中厚樸可能刺激子宮收縮。哺乳期婦女服藥期間應暫停母乳喂養，兒童用藥需嚴格遵醫囑減量。肝腎功能不全者代謝能力下降，易發生藥物蓄積中毒。
服用藿香正氣片期間應保持清淡飲食，避免生冷油膩食物影響藥效。服藥3天后癥狀未緩解或出現新發癥狀需及時就診，與其他藥物聯用需間隔2小時以上。夏季防暑時建議優先采取物理降溫措施，中暑重癥患者不宜單純依賴該藥物治療。儲存時需密封避光，性狀發生改變時禁止使用。
