巨細胞病毒性肝炎可導致肝功能損害、免疫抑制及多系統并發癥。該病毒感染主要影響肝臟、血液系統及消化系統，嚴重程度與患者免疫狀態密切相關。
免疫功能正常者感染后多表現為輕度肝炎，可能出現乏力、低熱、轉氨酶輕度升高等癥狀，通常2-3周內自愈。這類患者肝臟損傷多為暫時性，不會遺留永久性病變。
免疫功能低下者如器官移植術后、艾滋病患者易發生重型肝炎，典型表現包括持續高熱、黃疸進行性加重、凝血功能障礙。約30%患者會發展為肝硬化，部分病例可能出現急性肝衰竭。血液系統受累時可出現血小板減少、溶血性貧血等并發癥。
新生兒先天性感染危害最為嚴重，除肝炎癥狀外常伴有小頭畸形、感音神經性耳聾、視網膜脈絡膜炎等永久性損害。約10%患兒會出現智力發育遲緩，其中5%可能發展為肝纖維化。
長期影響方面，慢性活動性感染可導致門靜脈高壓、食管胃底靜脈曲張等嚴重并發癥。移植患者中約15%會發生移植物功能喪失，需要二次肝移植。定期監測病毒載量、肝功能指標及肝臟影像學檢查是評估病情進展的關鍵。
出現持續黃疸、意識改變或出血傾向時應立即就醫。對于免疫缺陷患者，早期使用更昔洛韋等抗病毒藥物可顯著改善預后。妊娠期女性需進行巨細胞病毒篩查，陽性者需接受專業產前咨詢。
