一般來說，過量服用吲哚美辛會引起瞌睡、眼花、重度頭痛、精神錯亂、感覺異常(Paresthesia)、肢體麻痹、反胃和嘔吐，而嚴重的胃腸出血也有可能發生。腦水腫、心臟驟停(CA)這些致命后果也曾出現在兒童身上。
由于吲哚美辛對胃腸道刺激比較大，因此制成吲哚美辛腸溶片之后，藥物在腸內緩釋，可大大減少對消化道的刺激。為減少罹患消化性潰瘍的幾率，應遵醫囑在達到治療效果的最低劑量下使用，且應于飯后服用。同時服用抗消化性潰瘍藥，也可防治此病。其他普遍的胃腸并發癥，包括消化不良、胃灼熱和輕度腹瀉并不算太嚴重，極少情況下才需要停用吲哚美辛。
吲哚美辛也會降低血漿腎素活性(PRA)及醛甾酮(Aldosterone)水平，同時會抑制Na+和K+離子排出，也會增強抗利尿激素的作用，這幾種作用會共同導致以下后果：
1、水腫(體液過多引起)
2、高鉀血癥
3、高鈉血癥
4、高血壓
藥品也會引起血清肌氨酸酐上升和更嚴重的腎臟損害，如急性腎衰竭、慢性腎炎和腎病綜合癥，而這些病癥的早期癥狀是水腫和高鉀血癥。
此外，吲哚美辛常會造成頭痛(總用藥人數的10-20%)，有時伴有眩暈、眼花、聽力損失、耳鳴、頸性視力障礙(視網膜感光與否均有可能)，以及加重帕金森氏癥、癲癇和精神病性障礙的病情。危及生命的休克(癥狀包括血管性水腫、出汗、重度低血壓、心動過速和急性支氣管痙攣)、重型肝炎和重度骨髓損傷也曾出現在醫療報告中。皮膚的光過敏反應也是可能存在的副作用。
吲哚美辛解熱作用強，可能會使嚴重感染的臨床病程變得不明確。
由于吲哚美辛有多種嚴重的副作用，并且現在有耐藥性更好的藥品可以使用，現在吲哚美辛一般不是治療的首選藥品。目前，吲哚美辛是治療急性痛風和痛經的公認藥物，因為治療所需延續時間僅為幾天，這樣就不易產生嚴重的副作用。
