小腸間質瘤屬于潛在惡性的腫瘤，部分可能發展為癌癥。小腸間質瘤的惡性程度與腫瘤大小、位置、細胞分裂活性等因素有關，主要有低度惡性潛能、中度惡性潛能、高度惡性潛能、局部侵襲性、轉移性等類型。
體積較小且細胞分裂活性低的小腸間質瘤通常表現為低度惡性潛能，這類腫瘤生長緩慢，轉移概率較低，通過手術完整切除后預后較好。病理檢查顯示核分裂象少于5個/50高倍視野的腫瘤多屬于此類，患者術后定期隨訪即可。
當腫瘤直徑超過5厘米或核分裂象超過5個/50高倍視野時，可能具有中度或高度惡性潛能。這類腫瘤細胞增殖活躍，可能侵犯周圍組織或發生肝轉移、腹膜轉移。部分病例會伴隨消化道出血、腸梗阻等急癥表現，需通過增強CT或PET-CT評估轉移情況。
小腸間質瘤的診斷需結合免疫組化檢測，約95%的病例表達CD117抗原。治療以手術切除為主，對中高危患者需聯合甲磺酸伊馬替尼等靶向藥物進行輔助治療。術后每3-6個月需復查腹部影像學，監測復發跡象。日常應注意避免腹部外傷，出現腹痛、黑便等癥狀時及時就醫。
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