超短波和微波治療都是物理療法中常用的電磁波類型，但是在治療原理、治療方式、適應癥等方面有些區別。
1.治療原理：超短波的原理是通過高頻電磁波產生的電流和熱量穿透皮膚深層組織，刺激體內組織和細胞的新陳代謝，達到止痛、消炎、促進傷口愈合等作用；微波治療則是通過電磁波進入人體組織，沿電導機理對機體產生一定的短時高頻機械振動和摩擦，產生局部升溫、促進血液循環、消炎殺菌等作用，來緩解疼痛和改善病情。
2.治療方式：超短波是采用電磁波通過皮膚深層滲透，典型的是大矩形電極和小矩形電極，外加振蕩電子器來實現治療，一般持續時間在10-20分鐘；微波治療是通過電磁波進入人體組織，常用體積共振器、平行板振子、導體柱等不同裝置形式進行治療，治療時間通常為15分鐘左右，每周1-2次。
3.適應癥：超短波主要適用于骨關節疾病、軟組織損傷、消炎止痛等方面的治療，例如骨骼疼痛、關節僵硬、腰椎間盤突出癥等問題；微波治療也主要適用于骨、關節、軟組織等系統炎癥和慢性疼痛的治療，如類風濕關節炎、肌肉疼痛、痛風等。
除以上相對常見區別外，還可能有其他不同，如治療價格、治療效果、副作用。如果身體有嚴重不適情況，需要采取這兩種方式治療，建議前往醫院，詳細咨詢醫生。
