慢性腸炎一般不會發展成腸癌，目前并沒有醫學證明慢性腸炎和腸癌的發病有直接的聯系。但是慢性腸炎患者在患病后，如果沒有積極對疾病進行治療和護理，導致腸黏膜反復受到刺激和傷害，就有可能引起癌變，從而誘發腸癌。
患有慢性腸炎的患者，應積極配合治療。因該疾病具有病情反復發作的特征，會引起腹瀉、腹痛以及惡心等胃腸道不適癥狀。抗菌治療以及對癥治療是目前應對慢性腸炎的主要治療方式，因此若為細菌或真菌感染而患該病的患者，可以根據病原體使用針對性的抗菌藥物。如由于細菌感染所引起的慢性腸炎，可以使用紅霉素、頭孢菌素等抗生素藥物進行治療；由于真菌感染所引起的慢性腸炎，可以使用兩性霉素以及制霉菌素等。另外腹瀉嚴重的患者，專業醫生會給予蒙脫石散等藥物進行對癥治療。絕大多數慢性腸炎患者在配合專業醫生進行抗菌治療以及對癥支持治療后，都可以達到治愈疾病的目的。
除上述治療外，慢性腸炎的患者還需養成良好的飲食習慣，避免進食辣椒、大蒜等辛辣刺激的食物，同時也需忌煙酒等，保持適當運動，保證充足的睡眠來幫助疾病的治愈，預防并發癥的發生。
