治療肛瘺的藥物有潤滑腸道的藥物，比如乳果糖口服溶液，同時也可以通過蒙脫石散藥物治療，如果比較嚴重，抗生素類的藥物也能起到很好的治療效果。
1、乳果糖口服溶液：如果在平時生活中經常吃辛辣刺激性的食物，可能會影響正常的排便，同時也會導致肛瘺疾病加重，通過乳果糖口服溶液能夠軟化大便，可以將腸道當中的垃圾排出體外，能夠減少對肛門的刺激，所以對肛瘺疾病的治療有很大的好處。
2、蒙脫石散：出現肛瘺可能會導致患者出現拉肚子，嚴重會導致肛門部位出現灼熱感和疼痛感，通過蒙脫石散藥物可以起到止瀉的效果，但是需要遵醫囑，根據病情的嚴重程度來及時調整用藥量。
3、抗生素：肛瘺是因為炎癥所引起的癥狀，抗生素能起到很好的殺菌效果，所以對肛瘺的治療也能有一定的好處。
在日常生活中需要多吃一些新鮮的蔬菜和水果，也可以多吃一些纖維素高的食物，比如蝦肉、竹筍、青菜，有些食物可以促進腸道蠕動，也可以提供身體所需營養，并不會影響正常的排便，也不會導致便秘。
