酪酸梭菌活菌散不能與抗菌藥物、吸附劑、抗酸藥、免疫抑制劑以及活疫苗合用。酪酸梭菌活菌散是一種微生態制劑，與其他藥物合用時可能影響其療效或增加不良反應風險。
抗菌藥物如阿莫西林、頭孢克肟、左氧氟沙星等會直接抑制或殺滅酪酸梭菌活菌散的活性成分，導致其調節腸道菌群的功能喪失。使用抗菌藥物期間及停藥后一段時間內應避免合用該制劑，必要時需間隔兩小時以上服用。
蒙脫石散、活性炭等吸附劑會通過物理吸附作用降低酪酸梭菌活菌散的生物利用度。兩類藥物同時服用時，活菌會被吸附劑包裹而無法在腸道定植發揮作用，建議間隔三小時以上分服。
奧美拉唑、鋁碳酸鎂等抗酸藥會改變胃腸道酸堿環境，影響酪酸梭菌的存活率。胃酸被過度抑制可能導致活菌無法順利通過胃部到達腸道，降低治療效果，兩類藥物需錯開兩小時使用。
環孢素、他克莫司等免疫抑制劑可能增強酪酸梭菌的定植風險，尤其對免疫功能低下患者存在潛在感染隱患。使用免疫抑制治療的患者應在醫生指導下謹慎評估合用必要性。
口服脊髓灰質炎疫苗、輪狀病毒疫苗等活疫苗與酪酸梭菌活菌散合用時，可能因腸道菌群變化影響疫苗免疫應答效果。建議疫苗接種前后一周暫停使用微生態制劑。
使用酪酸梭菌活菌散期間應避免飲酒及辛辣刺激飲食，保持清淡易消化食物為主。注意觀察排便情況，若出現腹瀉加重或新發腹脹等癥狀應及時就醫。儲存時需避光密封置于陰涼處，開封后盡快服用以保證活菌活性。與其他藥物合用前建議咨詢醫師或藥師，確保用藥安全有效。
