復發性阿弗他潰瘍通常可以痊愈，但可能反復發作。該病具有自限性，多數患者在1-2周內自愈，少數可能因免疫異常、營養缺乏、局部創傷等因素導致反復發作。
復發性阿弗他潰瘍的愈合與個體免疫狀態密切相關。輕型潰瘍通常無需特殊治療，保持口腔清潔、避免刺激性食物可促進愈合。局部使用含利多卡因的凝膠緩解疼痛，或應用重組人表皮生長因子凝膠加速黏膜修復。中重度潰瘍可短期使用糖皮質激素類貼膜，如醋酸地塞米松口腔貼片，抑制過度免疫反應。頑固性病例需排查系統性紅斑狼瘡、白塞病等全身性疾病，必要時采用沙利度胺等免疫調節劑。
約20%患者會發展為復發性病程，這與遺傳易感性、維生素B12或鐵缺乏、胃腸功能紊亂相關。長期反復發作需檢測血清鐵蛋白、葉酸水平，補充復合維生素可能減少復發頻率。合并幽門螺桿菌感染時，根除治療有助于潰瘍控制。心理壓力與睡眠障礙會加重病情，認知行為療法聯合放松訓練可降低復發概率。
患者應保持均衡飲食，增加瘦肉、深綠色蔬菜等富含B族維生素食物攝入，避免過硬、過酸食物刺激潰瘍面。使用軟毛牙刷輕柔清潔口腔，含漱生理鹽水或氯己定溶液輔助消炎。記錄發作誘因如月經周期、特定飲食等有助于預防復發，若潰瘍持續超過3周不愈或伴隨發熱、皮疹需及時就診。
