胎兒室間隔缺損是最常見的先天性心臟病之一，主要由胚胎期心臟發育異常導致。其病因可分為生理性因素和病理性因素兩大類。
生理性因素中，母體妊娠早期葉酸缺乏可能干擾胎兒心臟間隔閉合過程。維生素B族攝入不足也與心臟結構發育缺陷相關。妊娠期糖尿病未控制可能通過高血糖環境影響胎兒心臟發育。
病理性因素方面，染色體異常如21-三體綜合征常伴隨心臟結構缺陷。特定基因突變如NKX2-5基因變異可直接導致室間隔發育障礙，這類患者可能同時合并傳導系統異常。TORCH感染弓形蟲、風疹病毒等在妊娠早期的感染也可造成心臟發育停滯。
環境致畸因素中，妊娠早期接觸電離輻射或某些抗癲癇藥物可能增加發病風險。部分病例表現為肺動脈高壓等繼發改變。多數小型缺損可隨生長發育自然閉合，但大型缺損需在嬰幼兒期進行外科修補手術。
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