復方珍珠口瘡顆粒需避免與抗凝藥、免疫抑制劑、含相似成分的中成藥、堿性藥物及部分抗生素合用，具體禁忌藥物包括華法林、環孢素、牛黃解毒片、碳酸氫鈉、四環素等。
1、抗凝藥物：
復方珍珠口瘡顆粒含珍珠層粉等成分，可能增強華法林、阿司匹林等抗凝藥物的作用，增加出血風險。服藥期間需監測凝血功能，避免聯合使用。
2、免疫抑制劑：
該中成藥具有免疫調節作用，與環孢素、他克莫司等免疫抑制劑聯用可能導致藥效沖突，影響器官移植或自身免疫疾病患者的治療效果。
3、同類中成藥：
牛黃解毒片、六神丸等清熱解毒類中成藥含有相似成分，合用可能引發雄黃、朱砂等礦物質過量攝入，導致重金屬蓄積中毒。
4、堿性藥物：
顆粒中的有機酸成分與碳酸氫鈉、鋁碳酸鎂等堿性藥物發生中和反應，降低雙方藥效，建議間隔2小時以上服用。
5、四環素類抗生素：
珍珠層粉所含鈣離子與四環素、多西環素形成螯合物，影響抗生素吸收。需錯開用藥時間或更換其他抗菌藥物。
使用復方珍珠口瘡顆粒期間，建議清淡飲食，避免辛辣刺激食物；保持口腔衛生，每日用淡鹽水漱口；服藥后30分鐘內避免飲茶或牛奶。若需長期聯合用藥，應咨詢醫師調整方案，定期復查肝腎功能及血常規。特殊人群如孕婦、哺乳期婦女需在藥師指導下使用。
