甲鈷胺不宜與氯霉素、氨基糖苷類抗生素、消膽胺等藥物聯用。聯用可能降低藥效或增加不良反應風險，具體相互作用機制與藥物特性相關。
氯霉素可能抑制骨髓造血功能，與甲鈷胺維生素B12活性形式聯用時可能影響后者對惡性貧血的治療效果。長期使用氯霉素的患者需監測血常規，必要時調整甲鈷胺劑量。
氨基糖苷類抗生素如慶大霉素、阿米卡星等，可能干擾甲鈷胺在腸道的吸收。兩類藥物使用間隔應超過2小時，胃腸功能異常者需特別注意藥物相互作用。
消膽胺等膽汁酸結合樹脂會吸附甲鈷胺，減少其腸道吸收率。建議兩類藥物服用間隔至少4小時，慢性消化道疾病患者需加強療效監測。
少數情況下，甲鈷胺與鉀制劑聯用可能影響維生素B12的轉運，血鉀異常患者需謹慎。部分抗癲癇藥物如苯妥英鈉也可能降低甲鈷胺生物利用度。
使用甲鈷胺前應主動告知醫生正在服用的所有藥物，包括處方藥、中成藥及保健品。出現異常神經癥狀或血液指標變化時需及時復診調整用藥方案。
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