肛管癌的病因主要與高危型人乳頭瘤病毒HPV感染、免疫抑制狀態、長期肛周慢性炎癥刺激等因素相關。其發病機制涉及多因素相互作用，具體可分為以下五類：
高危型HPV感染
約80%的肛管癌與HPV16/18型感染有關。病毒E6/E7癌蛋白通過抑制p53和Rb腫瘤抑制蛋白，導致上皮細胞異常增殖。長期感染可能誘發肛管上皮內瘤變AIN，最終進展為浸潤性癌。
免疫功能低下
HIV感染者發生肛管癌的風險是普通人群的30倍。器官移植后使用免疫抑制劑的患者風險增加5-10倍。免疫監視功能減弱使HPV持續感染和癌前病變難以清除。
慢性炎癥刺激
長期肛瘺、肛裂或克羅恩病肛周病變患者，局部反復炎癥可促進細胞DNA損傷。炎癥微環境中的細胞因子如IL-6、TNF-α可能加速上皮惡性轉化。
吸煙與化學致癌物
煙草中的多環芳烴可直接損傷肛管黏膜DNA。吸煙者肛管癌風險增加3-5倍，且與HPV感染具有協同致癌效應。職業接觸煤焦油等化學物質也可能增加風險。
性行為相關因素
多性伴侶、肛交行為會提升HPV暴露概率。研究顯示男性同性性行為者肛管癌發病率達35/10萬，顯著高于普通人群的1-2/10萬。
對于存在上述高危因素者，建議定期進行肛門細胞學篩查。早期發現癌前病變可通過電灼、冷凍等局部治療阻斷進展。已確診患者需根據分期選擇放化療或腹會陰聯合切除術等綜合治療方案。
