人參健脾丸不宜與瀉下藥、抗凝藥、強心苷類藥物、酸性藥物及含鈣鎂鋁制劑合用，可能降低藥效或增加不良反應風險。
1、瀉下藥：
大黃、番瀉葉等瀉下藥與人參健脾丸同服會加速腸道蠕動，減弱健脾丸的補益效果。兩類藥物作用方向相反，合用可能導致腹瀉或腹痛。
2、抗凝藥物：
華法林、阿司匹林等抗凝藥與人參健脾丸中的人參皂苷成分可能產生相互作用，增加出血風險。人參皂苷具有抗血小板聚集作用，與抗凝藥協同可能延長凝血時間。
3、強心苷類：
地高辛、西地蘭等強心苷藥物與人參聯用可能增強心臟毒性。人參中的人參皂苷會影響心肌細胞電解質平衡，與強心苷協同作用易誘發心律失常。
4、酸性藥物：
維生素C、胃蛋白酶等酸性制劑會破壞人參健脾丸中活性成分。酸性環境可能導致人參皂苷水解失效，降低健脾益氣功效。
5、金屬離子制劑：
含鈣鎂鋁的胃藥如氫氧化鋁或補劑會與健脾丸中成分結合沉淀。金屬離子易與中藥有機酸、黃酮類物質形成絡合物，影響藥物吸收。
服用期間需避免飲酒及辛辣刺激食物，建議間隔2小時再服用其他藥物。慢性病患者聯合用藥前應咨詢醫師，定期監測肝功能與凝血指標。日常可配合山藥粥、紅棗湯等溫和食療，避免劇烈運動消耗正氣。
