小兒健脾丸適用于脾胃虛弱引起的食欲不振、消化不良等癥狀，服用時需注意過敏反應、用藥禁忌、飲食配合、劑量控制和藥物相互作用等因素。
部分兒童可能對小兒健脾丸中的成分如白術、茯苓等中藥材過敏，表現為皮膚瘙癢、紅疹或呼吸困難。首次服用前應觀察是否有過敏史，出現過敏癥狀需立即停藥并就醫。過敏體質患兒建議在醫生指導下使用，必要時進行成分篩查。
急性胃腸炎、腸梗阻等急腹癥患兒禁用小兒健脾丸。感冒發熱期間不宜服用，以免影響病情判斷。糖尿病患兒慎用含蜂蜜的丸劑，先天性代謝疾病患者需評估藥物成分耐受性。
服藥期間應避免生冷油膩食物，如冰淇淋、肥肉等，以免加重脾胃負擔。建議搭配小米粥、山藥等易消化食材，服藥與進食間隔半小時以上。夏季需注意補充水分防止丸劑燥熱傷津。
必須嚴格遵醫囑按年齡體重調整劑量，3歲以下兒童通常需減半使用。丸劑應溫水化開服用，避免整粒吞咽導致嗆咳。療程一般不超過2周，癥狀無改善需復診調整方案。
避免與抗生素、微生態制劑同時服用，間隔至少2小時。正在使用免疫抑制劑或抗凝藥物的患兒需評估配伍風險。服藥期間禁用含大黃、番瀉葉的瀉下類藥物。
服用小兒健脾丸期間應保持規律作息，適當進行戶外活動促進胃腸蠕動。觀察大便性狀變化，若出現腹瀉或便秘加重需及時咨詢長期消化不良患兒可配合捏脊等中醫外治法，避免自行調整用藥方案。注意區分健脾丸與消食類藥物的適應癥差異，中病即止不宜久服。
