保和丸與越鞠保和丸在成分、功效及適應癥上存在明顯差異。保和丸主要由山楂、神曲、半夏等組成，側重消食導滯；越鞠保和丸則是在保和丸基礎上加入越鞠丸成分，兼具疏肝解郁作用。兩者差異主要體現在成分配伍、治療側重、適用證型、藥物相互作用、禁忌人群五個方面。
保和丸基礎方含山楂、神曲、萊菔子等消食藥，輔以半夏、陳皮理氣化痰。越鞠保和丸額外添加香附、川芎、蒼術等藥材，其中香附疏肝解郁，川芎活血行氣，蒼術燥濕健脾，形成消食與疏肝雙重功效的復方配伍。
保和丸專攻食積停滯，針對暴飲暴食引起的脘腹脹滿、噯腐吞酸等純消化系統癥狀。越鞠保和丸適用于情志不暢合并食積的情況，既能化解積食，又可改善因肝氣郁結導致的脅肋脹痛、情緒抑郁等復合癥狀。
保和丸對應單純飲食積滯證，常見于節假日飲食過量人群。越鞠保和丸主治肝郁食滯證，多見于長期壓力大伴隨消化不良的上班族，需同時存在情緒波動與消化異常指征方可使用。
保和丸與抗生素聯用可能降低后者療效，服藥期間應間隔兩小時。越鞠保和丸因含香附等成分，與鎮靜類藥物同服可能增強中樞抑制效應，抑郁癥患者聯合用藥需醫師評估。
保和丸孕婦慎用，脾胃虛寒者忌服。越鞠保和丸除上述禁忌外，因含活血成分，月經量多者及出血性疾病患者禁用，陰虛火旺體質者可能出現口干咽燥等不良反應。
兩種中成藥均需在中醫辨證指導下使用，服藥期間忌食生冷油膩。保和丸建議飯后溫水送服，療程不超過一周；越鞠保和丸對情緒相關癥狀需連續服用兩周以上觀察療效。出現皮疹、腹瀉等不良反應應立即停用，胃腸潰瘍患者用藥前須排除器質性病變。日常應注意飲食規律并保持情緒舒暢，頑固性消化不良建議配合針灸或推拿治療。
