九味痔瘡膠囊不宜與抗凝藥物、瀉藥及部分清熱解毒類中藥合用。合用可能引發藥物相互作用，導致藥效降低或不良反應風險增加。
抗凝藥物如華法林、阿司匹林與九味痔瘡膠囊同服可能增加出血風險。九味痔瘡膠囊中的活血化瘀成分可能增強抗凝效果，引發出血傾向。臨床表現為牙齦出血、皮下瘀斑等癥狀。
瀉藥如番瀉葉、酚酞片與九味痔瘡膠囊聯用可能加重腸道刺激。九味痔瘡膠囊本身具有清熱通便作用，疊加瀉藥易導致腹瀉、電解質紊亂。常見癥狀包括腹痛、水樣便等。
清熱解毒類中藥如牛黃解毒片、黃連上清丸與九味痔瘡膠囊存在功效重疊。兩類藥物均含寒涼成分，合用可能損傷脾胃陽氣。可能出現食欲減退、腹脹等消化系統不適。
特殊情況下需聯用藥物時，建議間隔2小時以上服用。用藥期間出現便血、嚴重腹瀉或持續性腹痛應立即停藥就醫。痔瘡急性發作期建議在醫生指導下調整用藥方案。
