六君子丸和香砂六君子丸在藥物組成、功效及主治病癥上都是有區別的。
1.藥物組成不同：六君子丸是由六君子湯變化劑型而制成的，其主要藥物是黨參、麩炒白術、茯苓、半夏（制），陳皮、炙甘草，而香砂六君丸是在六君子丸的基礎上又增加了木香和砂仁兩種藥。
2.功效和主治病癥不同：六君子丸具有補脾益氣、燥濕化痰（以燥濕的藥物祛除體內痰邪）的功效，主治脾胃虛弱，食量不多，氣虛痰多，腹脹便溏（糞便稀不成形）；而香砂六君丸具有益氣健脾（調理脾胃氣機），和胃的功效。用于脾虛氣滯，消化不良，噯氣（打嗝）食少，脘腹（腹部）脹滿，大便溏泄。
因此，六君子丸以補氣為主，兼燥濕化痰，而香砂六君丸因加入了木香、砂仁這兩種理氣藥，除了補氣、燥濕化痰之外，還可以理氣。
六君子丸不適用于脾胃陰虛（脾胃的陰液不足）的患者，孕婦是忌服的；香砂六君丸不適用于急性腸胃炎患者，感冒發熱者不宜服用，孕婦也是忌服的。
以上藥物均需在中醫師的辨證指導下，遵醫囑用藥，不建議自行服用，以免產生不良后果。
