新生兒腹瀉，一般不使用蒙脫石散。需要尋找腹瀉的原因，可以先化驗大便常規，以除外有感染因素，如果不是感染因素所導致的腹瀉，絕大多數新生兒腹瀉，要考慮乳糖不耐受或腸道蛋白過敏，需要對因治療。乳糖不耐受，是指新生兒腸道內乳糖酶不足，無法有效分解奶中的乳糖，因此，會出現消化不良，導致腹瀉，嚴重時，可有便中帶血，而奶蛋白過敏，是由于腸道對于奶中的蛋白的異常反應，因此，可以導致消化不良，嚴重時，也可以出現腹瀉，便中帶血的情況，影響寶寶的發育，可以化驗大便的還原糖試驗，以除外乳果糖不耐受，必要時，需要檢測過敏原等，除外蛋白過敏，治療方面，如果是乳糖不耐受，需要在哺乳期專用乳糖酶，以幫助消化乳糖，改善腹瀉，如果是蛋白過敏，需要換用水解蛋白奶粉或氨基酸奶粉喂養，以緩解蛋白過敏的情況，一般新生兒腹瀉，不需要加蒙脫石散治療。
