新生兒肺炎及時規范治療通常不會遺留后遺癥。多數患兒經有效抗感染和呼吸支持后能完全康復，肺功能可恢復正常水平。
早期發現并接受規范抗生素治療的輕中度肺炎患兒，痊愈后肺部組織修復良好。這類情況占臨床病例的70%以上，患兒后續生長發育與同齡兒童無異，胸片檢查無異常陰影殘留。需注意出院后三個月內避免呼吸道感染，定期復查肺功能。
若肺炎合并膿胸、肺不張或敗血癥等并發癥，可能影響肺泡發育。約5%-8%的重癥患兒可能出現暫時性肺纖維化或支氣管擴張，表現為運動后氣促。這類患兒需持續進行呼吸康復訓練，使用布地奈德霧化可促進炎癥吸收，多數在2-3年內逐步改善。
出院后應保持室內空氣流通，母乳喂養至少持續至6月齡以增強免疫力。每日進行撫觸和被動操促進肺循環，避免接觸煙霧、粉塵等刺激物。建議每季度進行胸片隨訪直至2周歲，若發現異常呼吸音或反復呼吸道感染，需及時進行高分辨率CT檢查評估肺實質情況。適當補充維生素A/D有助于呼吸道黏膜修復，注意觀察患兒進食和體重增長曲線。
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