糞菌移植目前不能作為自閉癥的標準治療方法，但可能對部分患者的行為癥狀有改善作用。自閉癥的核心癥狀仍需通過行為干預、特殊教育等綜合手段治療。
現有研究表明，腸道菌群與神經系統存在密切互動，部分自閉癥患兒伴隨腸道菌群紊亂。通過糞菌移植調節腸道微生態，可能間接影響腦腸軸功能，改善患者的焦慮、刻板行為等伴隨癥狀。國內小規模臨床試驗顯示，部分患兒在接受移植后社交互動能力有所提升，但個體差異顯著。
糞菌移植在自閉癥治療中仍存在諸多限制。移植效果與供體篩選、菌群定植成功率密切相關，目前缺乏標準化操作流程。嚴重免疫缺陷患者可能出現感染風險，部分患兒可能出現腹瀉、腹脹等消化道不良反應。現有證據等級較低，尚未形成臨床治療共識。
自閉癥患者應優先接受專業機構評估，制定個性化康復方案。家長可關注患兒飲食結構，適當補充益生菌食品，但須避免自行嘗試糞菌移植。保持規律作息、營造包容環境對癥狀改善更為重要。若考慮實驗性治療，必須選擇正規醫療單位開展。
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