小兒健脾丸和小兒啟脾丸的主要區別在于成分側重與適應癥差異，兩者均用于小兒脾胃調理，但分別針對脾虛食積和脾虛寒證。主要差異包括成分差異、功效側重、適用癥狀、禁忌人群、聯合用藥等方面。
小兒健脾丸主要含黨參、白術、茯苓等健脾益氣成分，輔以山楂、麥芽消食化積；小兒啟脾丸則以人參、白術、干姜為主，側重溫中散寒，配伍陳皮、砂仁理氣醒脾。前者偏重補脾消食，后者強調溫補脾陽。
小兒健脾丸通過增強運化功能改善食欲不振、脘腹脹滿等脾虛食積癥狀；小兒啟脾丸通過溫補脾陽緩解食少便溏、四肢不溫等虛寒表現。前者針對消化不良，后者針對脾胃虛寒。
小兒健脾丸適用于舌苔厚膩、口氣酸腐的積食患兒；小兒啟脾丸適用于大便溏薄、畏寒喜暖的虛寒體質。兩者均需在醫生辨證后使用，不可自行判斷。
小兒健脾丸不適合陰虛火旺患兒；小兒啟脾丸禁用于實熱證或急性胃腸炎發熱期。兩者均需避免與滋補類中藥同服，服藥期間忌食生冷油膩。
小兒健脾丸可配合益生菌制劑調節腸道菌群；小兒啟脾丸常與附子理中丸聯用增強溫陽效果。聯合用藥需間隔兩小時，避免藥物相互作用。
脾胃虛弱患兒需長期調理，建議定期復診調整用藥方案。日常飲食宜少量多餐，選擇易消化的米粥、蒸蛋等食物，避免冰淇淋、油炸食品。可配合捏脊、摩腹等小兒推拿手法促進消化吸收，注意腹部避免受涼。若服藥后出現皮疹、腹瀉加重等情況需立即停藥就醫。
