新冠核酸檢測的方法有鼻咽拭子、口咽拭子、肛拭子。
被檢測者保持頭部不動，去除鼻前孔中表面的分泌物。檢測者通過鼻腔輕輕將拭子以垂直鼻子方向插入鼻孔，直至手指觸及鼻子，使拭子在鼻內停留15-30秒，然后輕輕旋轉3次。將拭子投入病毒運送培養基中，密封后標記，然后送檢。患有鼻竇炎或過敏性鼻炎的患者，最好不要采取鼻咽拭子的方式進行檢測，防止鼻腔受到損傷。
被檢測者張口發“啊”音，腭垂上提暴露咽后壁，拭子越過舌根，到達咽狹病變處，快速擦拭兩側腭弓和咽、扁桃體分泌物。將拭子投入病毒運送培養基中，密封后標記，然后送檢。做口咽拭子檢測前兩個小時盡量避免進食，以免引起嘔吐。
取樣拭子在生理鹽水中浸泡后，插入肛門2-3厘米或在肛門周圍褶皺處擦拭進行取樣。此方式可提高檢出率，減少漏診，因此肛拭子檢測方式更適合重點人群。
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