和胃整腸丸需避免與抑酸藥、抗菌藥、含金屬離子藥物、抗膽堿藥及部分中藥合用，具體禁忌藥物包括奧美拉唑、諾氟沙星、鋁碳酸鎂、阿托品及含鞣質類中藥。
1、抑酸藥物：
質子泵抑制劑如奧美拉唑、雷貝拉唑會降低胃酸分泌，與和胃整腸丸中調節胃腸功能的成分產生拮抗作用。H2受體阻滯劑如法莫替丁可能延緩藥物吸收，建議間隔2小時服用。
2、抗菌藥物：
喹諾酮類抗生素諾氟沙星、左氧氟沙星與和胃整腸丸中金屬離子結合形成螯合物。大環內酯類如克拉霉素可能通過CYP450酶影響藥物代謝，增加不良反應風險。
3、金屬離子制劑：
含鋁、鎂的胃藥鋁碳酸鎂、氫氧化鋁會吸附和胃整腸丸有效成分。補鐵劑硫酸亞鐵、補鈣劑碳酸鈣可能形成難溶性復合物，降低雙方生物利用度。
4、抗膽堿藥物：
阿托品、山莨菪堿等解痙藥與和胃整腸丸中調節腸蠕動的成分作用相悖。合用可能導致腸麻痹或加重腹脹，需監測排便情況。
5、部分中藥：
含鞣質的五倍子、地榆可能沉淀和胃整腸丸生物堿。瀉下類中藥大黃、番瀉葉與止瀉成分產生沖突，建議間隔4小時以上服用。
服用和胃整腸丸期間應避免酒精及辛辣刺激飲食，適宜選擇小米粥、山藥等溫和食材。合并用藥需咨詢醫師，出現皮疹或心悸立即停藥就診。慢性胃腸疾病患者建議配合腹部按摩及八段錦鍛煉，增強胃腸蠕動功能。
