萎縮性胃炎的治療藥物主要包括抑制胃酸分泌藥、胃黏膜保護劑和根除幽門螺桿菌藥物三類。常用藥物有奧美拉唑、鋁碳酸鎂和膠體果膠鉍，具體用藥方案需結合胃黏膜損傷程度和幽門螺桿菌感染情況制定。
抑制胃酸分泌藥能減輕胃酸對炎癥黏膜的刺激。質子泵抑制劑如奧美拉唑通過阻斷胃壁細胞氫鉀ATP酶，顯著降低胃內酸度；H2受體拮抗劑如雷尼替丁可競爭性抑制組胺對壁細胞的刺激作用。這類藥物適用于胃黏膜糜爛或反酸癥狀明顯者，用藥期間需注意長期使用可能影響鈣吸收。
胃黏膜保護劑可在受損黏膜表面形成保護層。鋁碳酸鎂能中和胃酸并吸附膽汁酸，特別適合伴有膽汁反流的患者；膠體果膠鉍能與炎癥部位蛋白質結合形成保護膜，同時刺激前列腺素分泌促進黏膜修復。使用鉍劑期間可能出現黑便，屬正常藥物代謝現象。
根除幽門螺桿菌需采用四聯療法。標準方案包含質子泵抑制劑、兩種抗生素如阿莫西林+克拉霉素和鉍劑，療程通常為14天。治療前應進行碳13/14呼氣試驗確認感染，用藥期間需嚴格遵醫囑完成全程治療，避免耐藥性產生。
部分患者可配合使用促胃腸動力藥。多潘立酮能增強胃竇收縮力，改善胃排空功能；莫沙必利通過激活5-HT4受體協調胃十二指腸運動。這類藥物適用于伴有早飽、腹脹等動力障礙癥狀者，但需注意與抗膽堿藥合用時可能降低療效。
中成藥在輔助治療中具有一定作用。胃復春片含香附、枳殼等成分，能改善胃黏膜微循環；摩羅丹由百合、茯苓等組成，有助于緩解胃脘脹痛。使用中成藥時應辨證施治，避免與西藥發生相互作用。
