馬拉色菌毛囊炎又稱糠秕孢子菌毛囊炎可通過臨床表現結合實驗室檢查確診。典型表現為胸背部密集分布的紅色丘疹或膿皰，伴有輕度瘙癢，實驗室檢查主要依賴真菌鏡檢或培養。
馬拉色菌毛囊炎的診斷依據主要有以下方面：典型皮損特征為直徑2-4毫米的半球形紅色丘疹，周圍有紅暈，好發于皮脂腺豐富區域；伍德燈檢查可見黃綠色熒光，提示真菌代謝產物；皮損處刮取鱗屑進行氫氧化鉀溶液處理后可檢出圓形或卵圓形孢子；真菌培養需使用含油脂的特殊培養基，可見乳白色酵母樣菌落生長。
該病需與細菌性毛囊炎鑒別，后者膿皰更明顯且疼痛感顯著；痤瘡通常伴隨粉刺和囊腫，好發于面部；嗜酸性膿皰性毛囊炎表現為劇烈瘙癢的蕁麻疹樣丘疹。皮膚鏡檢查可見毛囊口擴張和周邊紅斑，反射共聚焦顯微鏡能直觀顯示毛囊內真菌結構。
組織病理學檢查可見毛囊擴張及周圍淋巴細胞浸潤，特殊染色可發現毛囊角質層內的真菌孢子。對于頑固性病例，建議行真菌藥敏試驗以指導用藥。診斷時需詳細詢問患者是否有長期使用抗生素或糖皮質激素史，這些因素可能誘發菌群失調。
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