高錳酸鉀不能與還原性藥物、含碘制劑、硫化物、過氧化氫及部分有機酸類藥物合用，可能產生毒性反應或降低藥效。
1、還原性藥物：
高錳酸鉀為強氧化劑，與維生素C、葡萄糖注射液等還原性藥物混合會發生氧化還原反應。維生素C分子中的烯二醇結構易被氧化為脫氫抗壞血酸，導致藥效喪失。葡萄糖在堿性條件下易被氧化成葡萄糖酸，配伍后溶液可能變色沉淀。
2、含碘制劑：
碘化鉀、碘甘油等含碘藥物與高錳酸鉀接觸會產生游離碘。游離碘對皮膚黏膜有強烈刺激性，可能引發接觸性皮炎。口腔含漱時若誤吞該混合物，可能損傷消化道黏膜。
3、硫化物類藥物：
硫代硫酸鈉、谷胱甘肽等含巰基藥物與高錳酸鉀配伍會產生硫酸鹽沉淀。硫代硫酸鈉常用于氰化物解毒，混合后解毒功能喪失。谷胱甘肽的活性巰基被氧化后，其抗氧化能力顯著降低。
4、過氧化氫溶液：
雙氧水與高錳酸鉀混合會加速分解產生氧氣，密閉容器中可能引發爆裂。該反應在傷口清創時尤其危險，快速釋放的氣泡可能造成皮下氣腫，延緩創面愈合。
5、有機酸類藥物：
水楊酸、苯甲酸等有機酸在酸性條件下會還原高錳酸鉀。水楊酸軟膏與高錳酸鉀溶液接觸后，紫色溶液迅速褪色表明氧化反應發生，兩者抗菌作用相互抵消。
使用高錳酸鉀時應單獨配制新鮮溶液，避免與上述藥物接觸。外用消毒建議采用0.1%濃度溫水稀釋，皮膚浸泡不超過10分鐘。誤服高錳酸鉀結晶需立即飲用大量牛奶或蛋清保護胃黏膜，維生素C注射液可靜脈滴注解毒。日常存放需避光密封，遠離兒童可觸及區域。
