食管pH監測與胃鏡檢查的難受程度因人而異，但多數患者認為胃鏡檢查的不適感更明顯。兩種檢查的體驗差異主要與操作方式、檢查時長及生理反應有關。
食管pH監測需將細導管經鼻腔插入食管，留置24小時監測胃酸反流情況。導管留置可能引發鼻腔酸脹、咽喉異物感，但通常不影響進食與日常活動。檢查過程中可能出現輕微咳嗽或分泌物增多，多數患者在1-2小時后逐漸適應。
胃鏡檢查需將內鏡經口咽進入消化道，過程中可能引發強烈惡心反射。雖然常規檢查僅需5-10分鐘，但咽喉麻醉、注氣擴張等操作易造成暫時性吞咽困難或腹脹。無痛胃鏡雖能緩解不適，但需承擔麻醉風險。
特殊情況下，鼻腔結構異常者進行pH監測可能加重不適，而胃腸敏感患者胃鏡檢查后可能出現持續脹氣。若檢查后出現劇烈胸痛或嘔血，需立即就醫。兩種檢查前均應禁食6-8小時，檢查后1小時內避免進食過熱食物。
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