新生兒肺炎是否遺留后遺癥與感染嚴重程度、治療時機及個體差異相關，多數患兒經規范治療可完全康復，少數重癥病例可能出現肺功能損傷、支氣管擴張等遠期問題。
1、輕度感染：由呼吸道合胞病毒或肺炎鏈球菌引起的輕癥肺炎，及時抗感染治療后肺組織修復良好，通常不影響肺部發育。需定期復查胸片監測炎癥吸收情況。
2、反復發作：一年內發生三次以上肺炎可能提示免疫功能缺陷，易導致氣道結構異常。建議進行免疫球蛋白檢測，必要時接種肺炎球菌疫苗加強防護。
3、缺氧損傷：重癥肺炎伴持續低氧血癥可能損傷腦神經細胞，表現為運動發育遲緩。需在康復期進行Gesell發育量表評估，并配合神經節苷脂營養支持。
4、慢性咳嗽：支原體肺炎愈后部分患兒存在氣道高反應性，表現為遷延性咳嗽。可采用孟魯司特鈉聯合布地奈德霧化降低氣道敏感性。
5、肺纖維化：腺病毒等重癥感染可能遺留局限性肺纖維化，青春期后易出現活動后氣促。建議每年進行肺功能檢查，避免劇烈運動。
母乳喂養可提供分泌型IgA增強呼吸道防御能力，輔食添加階段需保證維生素A和鋅的攝入以促進黏膜修復。保持居住環境通風干燥，避免接觸二手煙。康復期每天進行撫觸操改善胸廓擴張度，6月齡后逐漸增加翻身、爬行等大運動訓練。若出現呼吸頻率持續＞50次/分或喂養困難應及時復診。
