保和丸通常不適合脾胃虛寒、孕婦、過敏體質、急性胃腸炎及嚴重消化不良伴器質性疾病患者使用。保和丸作為消食導滯的中成藥，主要適用于飲食積滯引起的脘腹脹滿、噯腐吞酸等癥狀，但特定人群和病理狀態下需謹慎或禁用。
脾胃虛寒者表現為畏寒肢冷、大便溏薄、喜溫喜按等癥狀。保和丸中含山楂、神曲等消導成分，性質偏涼，可能加重虛寒癥狀。此類患者更適合附子理中丸等溫中健脾藥物，日常可配合生姜紅糖水調理。
保和丸中的萊菔子、半夏等成分可能刺激子宮平滑肌，存在潛在妊娠風險。孕婦出現消化不良時，建議通過少食多餐、食用山藥粥等溫和方式緩解，必要時需在中醫師指導下使用砂仁等安胎類藥材。
對保和丸所含成分過敏者可能出現皮疹、瘙癢等反應。中藥復方制劑含多種植物成分，過敏體質者用藥前應詳細閱讀說明書，首次服用可減半劑量觀察反應，出現過敏癥狀需立即停用并抗過敏治療。
急性胃腸炎多由細菌病毒感染引起，需針對病原體治療。保和丸僅緩解食積癥狀，無法抑制病原微生物，盲目使用可能延誤病情。此類患者應優先選擇蒙脫石散等腸道黏膜保護劑，并注意補液防止脫水。
胃潰瘍、胃癌等器質性疾病導致的消化不良，服用保和丸可能掩蓋病情。若出現嘔血、黑便、體重驟降等報警癥狀，需立即進行胃鏡等檢查，此類患者需針對原發病治療，如使用奧美拉唑等抑酸藥物。
使用保和丸期間應忌食生冷油膩，避免加重胃腸負擔。慢性消化不良患者可配合按摩足三里穴，每日順時針揉腹促進蠕動。服藥三天癥狀無改善或出現腹痛加重、腹瀉等情況需及時就醫，兒童及老年人應在醫師指導下調整劑量，長期服用可能影響電解質平衡，建議間斷使用。
