蒙藥具有獨特的理論體系和臨床優勢，其特點主要體現在藥材來源、配伍原則、劑型多樣性和整體調節等方面。蒙藥的優勢包括副作用小、療效確切、適應癥廣泛和個體化治療等。
1、藥材來源
蒙藥多選用高原特有動植物及礦物藥材，如沙棘、肉蓯蓉、蒙古黃芪等，這些藥材生長在純凈自然環境，活性成分含量高。藥材采集遵循季節規律，保證藥效最大化，部分藥材需經特殊炮制工藝處理以降低毒性或增強療效。
2、配伍原則
蒙藥遵循三素平衡理論，強調君藥、臣藥、佐使藥的科學配比。復方制劑常由多味藥材組成，通過協同作用增強療效，如三味檀香散能同時調節氣血運行和臟腑功能。配伍時注重藥物性味歸經的互補，避免單一成分過量帶來的不良反應。
3、劑型多樣性
傳統蒙藥劑型包括散劑、丸劑、湯劑、油劑等十余種，現代又開發出膠囊、片劑等新劑型。散劑便于快速吸收，丸劑適合慢性病長期調理，湯劑可隨癥加減。特殊工藝制成的珍寶類制劑如八味沉香散，具有緩釋長效的特點。
4、整體調節
蒙藥治療不僅針對癥狀，更注重調節人體三根七素平衡。通過改善赫依、希拉、巴達干三大生命能量的協調，增強機體自愈能力。對心腦血管疾病、骨關節病等慢性病，能實現標本兼治的效果。
5、個體化治療
蒙醫強調因人施治，根據患者體質、季節變化調整用藥方案。同種疾病可能因赫依型、希拉型等不同體質采用差異化處方。治療過程中會動態評估療效，及時調整藥物組成和劑量。
使用蒙藥時建議在專業蒙醫師指導下進行，避免自行配伍用藥。治療期間需注意飲食禁忌，如服用清熱類藥物時應避免辛辣食物。可配合灸療、放血等傳統療法增強療效，慢性病患者需堅持按療程用藥。用藥后出現不適反應應及時就醫，孕婦及兒童用藥須嚴格遵醫囑。平時可適當食用羊肉、奶制品等溫補食材，保持規律作息有助于藥物發揮。
