直腸間質瘤是否需要手術需根據腫瘤大小、位置及惡性風險綜合評估，多數情況下建議手術切除。處理方式主要有內鏡下切除、局部切除術、經腹會陰聯合切除術、靶向藥物治療、定期隨訪觀察。
腫瘤直徑小于2厘米且無惡性特征的直腸間質瘤可考慮內鏡下切除或密切隨訪。這類腫瘤生長緩慢，惡性轉化概率低，通過超聲內鏡定期監測腫瘤變化是安全選擇。隨訪期間需每半年復查腸鏡及影像學檢查，關注有無便血、排便習慣改變等預警癥狀。若腫瘤增大或出現黏膜潰瘍等高風險表現，則需轉為手術治療。
直徑超過5厘米或病理檢查提示高危因素的直腸間質瘤必須手術切除。腫瘤侵犯肌層或伴有核分裂象增高時，經腹會陰聯合切除術能更徹底清除病灶。術后需結合基因檢測結果，對KIT基因突變陽性者采用伊馬替尼等靶向藥物輔助治療，降低復發風險。對于已發生轉移的晚期患者，手術聯合靶向藥物治療可延長生存期。
直腸間質瘤患者術后應保持高蛋白、低渣飲食，避免辛辣刺激食物加重腸道負擔。適量增加禽肉、魚肉等優質蛋白攝入，促進傷口愈合。術后三個月內避免劇烈運動，定期進行肛門括約肌功能鍛煉。出現排便失禁或肛門墜脹感應及時復查，排除復發可能。所有治療均需在胃腸外科醫生指導下個體化決策。
