清濁祛毒丸需避免與免疫抑制劑、抗凝藥物、強心苷類藥物、堿性藥物及含金屬離子藥物聯用，可能降低藥效或增加不良反應風險。
1、免疫抑制劑：
環孢素、他克莫司等免疫抑制劑與清濁祛毒丸同服可能影響機體免疫調節功能。中藥復方成分可能干擾西藥代謝酶活性，導致血藥濃度異常波動，誘發感染或肝腎毒性。用藥間隔需超過4小時。
2、抗凝藥物：
華法林、阿哌沙班等抗凝劑與含活血成分的中成藥聯用可能增強抗凝效果。丹參、紅花等成分會競爭血漿蛋白結合位點，延長凝血酶原時間，增加皮下瘀斑、消化道出血等風險。聯合使用時應監測INR值。
3、強心苷類藥物：
地高辛與清濁祛毒丸存在配伍禁忌。方中某些苷類物質可能增強洋地黃類藥物對心肌細胞Na+-K+泵的抑制作用，誘發竇性心動過緩或房室傳導阻滯等心律失常癥狀。
4、堿性藥物：
鋁碳酸鎂、碳酸氫鈉等制酸劑會改變胃腸道pH值，影響清濁祛毒丸中黃酮類成分的離子化程度和吸收率。兩類藥物需間隔2小時服用，避免降低清熱解毒功效。
5、含金屬離子藥物：
硫酸亞鐵、葡萄糖酸鈣等金屬鹽制劑可能與中藥有機酸形成難溶性絡合物。鐵離子與鞣質結合產生沉淀物，既阻礙鐵劑吸收又影響清濁祛毒丸有效成分的溶出度。
服用清濁祛毒丸期間建議保持飲食清淡，避免辛辣刺激食物影響藥效吸收。適度增加每日飲水量促進代謝產物排泄，但腎功能不全者需控制液體攝入量。用藥期間出現皮疹、心悸或尿量異常等不適癥狀應立即停藥就診。慢性病患者聯合用藥前應提供完整用藥清單供醫師評估，必要時調整給藥方案。
