附睪囊腫手術后可能出現陰囊腫脹、疼痛、感染、血腫或復發等后遺癥。手術方式主要有囊腫切除術和穿刺抽吸術，后遺癥風險與手術操作及個體恢復情況相關。
附睪囊腫切除術后陰囊腫脹較為常見，多因局部組織創傷或淋巴回流受阻導致，通常術后數周內逐漸消退。疼痛感可能持續數日，與神經末梢刺激有關，輕微疼痛可通過休息緩解。開放性手術創面較大時可能發生切口感染，表現為紅腫熱痛或滲液，需及時抗感染處理。血腫形成與術中止血不徹底相關，小血腫可自行吸收，較大血腫需穿刺引流。囊腫復發多因囊壁殘留或新發囊腫形成，復發概率與手術徹底性相關。
穿刺抽吸術創傷較小但復發率較高，術后可能出現短暫性墜脹感或少量出血。極少數情況下可能損傷輸精管導致生育功能受影響，或引發附睪硬結影響精子輸送。合并基礎疾病如糖尿病者感染風險增加，術后需加強切口護理。術中若誤傷精索血管可能引發出血或睪丸萎縮，需緊急處理。反復穿刺可能造成局部粘連，增加后續手術難度。
術后應保持會陰部清潔干燥，避免劇烈運動或重體力勞動至少兩周。穿著寬松棉質內褲減少摩擦，冰敷可緩解腫脹疼痛。飲食宜清淡富含優質蛋白促進傷口愈合，如魚肉蛋奶等。定期復查超聲監測恢復情況，出現持續發熱、劇烈疼痛或異常分泌物需及時就醫。術后一個月內禁止性生活及盆浴，避免騎跨動作以防創面撕裂。
