肌肉疼痛建議首診骨科或疼痛科。肌肉疼痛可能涉及骨骼肌肉系統、神經壓迫或代謝性疾病，不同病因對應科室選擇有所差異。
骨科是處理肌肉骨骼問題的首選科室。肌肉拉傷、肌筋膜炎、頸椎病等常見肌肉疼痛多由運動損傷或慢性勞損引起，骨科醫生可通過體格檢查結合影像學評估肌肉骨骼狀態。若疼痛伴隨關節活動受限、局部腫脹或外傷史，X光或核磁共振能明確是否存在肌肉撕裂、韌帶損傷或骨關節病變。
疼痛科適合慢性頑固性肌肉疼痛患者。纖維肌痛綜合征、肌筋膜疼痛綜合征等疾病常表現為廣泛性肌肉酸痛和壓痛，疼痛科醫生擅長采用神經阻滯、沖擊波等綜合治療。當疼痛持續超過3個月且常規治療無效時，疼痛科可提供精準診斷和階梯化鎮痛方案。
風濕免疫科適用于伴隨全身癥狀的肌肉疼痛。若肌肉酸痛合并晨僵、皮疹或低熱，需排查類風濕關節炎、多發性肌炎等自身免疫病，此時需檢測肌酶譜和自身抗體。內分泌科則處理代謝性肌病，如甲狀腺功能異常導致的肌無力伴酸痛，通過激素檢測可明確診斷。
急診科僅適用于急性創傷或危重情況。當肌肉疼痛伴隨意識障礙、醬油色尿或高熱時，可能提示橫紋肌溶解癥等急癥，需立即就醫。日常輕度肌肉酸痛可先嘗試熱敷、休息等自我護理，若72小時無緩解或加重應及時專科就診。
