長期飲用酸棗仁可能引起胃腸不適、低血壓及藥物相互作用等不良反應。酸棗仁的使用需根據體質和病情調整，過量或長期服用可能產生副作用。
酸棗仁含有多種生物活性成分，短期適量使用有助于改善睡眠質量。部分人群可能出現輕微腹脹或食欲減退，通常停止服用后癥狀可自行緩解。胃腸功能較弱者長期服用可能加重消化不良，出現腹瀉或便秘交替的情況。酸棗仁具有鎮靜作用，與降壓藥物聯用可能增強降壓效果，導致頭暈乏力等低血壓癥狀。正在服用抗凝藥物或鎮靜類藥物者需警惕成分相互作用。
特殊體質人群長期服用可能出現過敏反應，如皮膚瘙癢或皮疹。酸棗仁中的皂苷類成分可能影響電解質平衡，腎功能不全者需謹慎使用。孕婦及哺乳期婦女缺乏安全性研究數據，建議避免長期大量服用。酸棗仁提取物可能干擾某些實驗室檢查結果，術前兩周應停用。兒童青少年神經系統發育階段，長期使用可能影響認知功能發育。
使用酸棗仁時應控制每日用量，連續服用不超過兩周為宜。出現心慌氣短等不適癥狀應立即停用，飲用期間避免同時攝入濃茶咖啡等刺激性飲品。建議在中醫師指導下根據體質辯證使用，定期監測血壓和肝腎功能。可配合百合茯苓等藥食同源食材交替使用，減少單一藥材的累積風險。保持規律作息和適度運動，建立健康的睡眠習慣比依賴藥物更重要。
