雜糧打成粉可能增加升糖指數并導致營養流失，但合理使用仍可保留部分營養價值。雜糧粉的主要問題有加工過程中膳食纖維破壞、維生素氧化損失、過量攝入引發胃腸不適、儲存不當產生霉菌毒素、替代全谷物導致咀嚼功能退化等。
雜糧在精細研磨過程中，不溶性膳食纖維的物理結構會被破壞，降低對腸道蠕動的刺激作用。全谷物原有的粗纖維網絡被打斷后，延緩胃排空的功能減弱，可能減弱飽腹感。長期食用精細雜糧粉可能影響排便規律，尤其對存在慢性便秘的人群不利。
研磨產生的熱量和暴露在空氣中的表面積增大，會加速B族維生素和維生素E的氧化。粉碎后雜糧中的多酚類物質更易與氧氣接觸，抗氧化能力逐漸下降。若儲存時間超過三個月，維生素B1含量可能下降超過一半，降低雜糧原有的營養優勢。
一次性大量攝入雜糧粉可能引發腹脹、產氣等不適，特別是消化功能較弱的人群。粉碎后的雜糧顆粒更易與消化酶接觸，淀粉消化速度加快，部分人群可能出現反酸癥狀。胃腸術后患者或急性胃炎發作期應謹慎控制攝入量。
粉狀雜糧吸濕性強，儲存環境濕度超過65%時易滋生黃曲霉菌等致病微生物。家庭自制雜糧粉若未徹底干燥，存放兩周后霉菌毒素超標風險顯著增加。購買預包裝產品需注意觀察是否出現結塊、哈喇味等變質跡象。
長期用雜糧粉完全替代全谷物，可能減少牙齒咀嚼運動，影響頜面肌肉發育。兒童長期攝入糊化雜糧可能降低對粗硬食物的適應能力。老年人過度依賴雜糧粉可能加速咀嚼肌群萎縮，建議每周保留3-4次全谷物攝入。
建議選擇低溫研磨工藝的雜糧粉，開封后密封冷藏并在一個月內用完。搭配牛奶或酸奶可延緩血糖上升，添加堅果能彌補不飽和脂肪酸的損失。糖尿病患者應控制單次食用量在30克以內，配合綠葉蔬菜食用更佳。保留部分未粉碎的雜糧交替食用，既可獲得便利性又能維持口腔功能。出現持續腹脹或排便異常時應暫停食用并咨詢營養師。
