慢性腸炎的病程一般在兩個月以上。常見的臨床病例有慢性細菌性痢疾、慢性阿米巴痢疾、血吸蟲病、非特異性潰瘍性結腸炎和局限性腸炎。治療慢性腸炎的關鍵據腸炎的分類進行治療。同樣，腸炎藥物也需要遵循以下三個原則。
1.用藥前應仔細閱讀藥品說明書，因為說明書是患者對藥品的主要信息來源，也是安全合理使用的最佳指導。
2.口服補液鹽有利于腹瀉脫水的補充和恢復，但必須按規定稀釋后隨時服用。腦、腎、心功能不全和高鉀血癥患者應謹慎使用。
3.乳酸桿菌、整腸生、雙歧桿菌等微生態制劑不能與抗菌藥物、抗酸藥物、鉍、單寧酸、藥用炭等共用。如果必須共用，應間隔半小時。服用微生態藥物時，不要用溫水和冷水服用。
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