HPV疫苗二價、四價、九價的主要區別在于預防病毒亞型范圍不同，二價覆蓋HPV16/18型，四價增加HPV6/11型防護，九價進一步擴展至HPV31/33/45/52/58型。
1、預防范圍：
二價疫苗針對高危型HPV16和18，這兩種亞型導致70%的宮頸癌。四價疫苗在二價基礎上增加低危型HPV6和11的防護，這兩種亞型與90%的生殖器疣相關。九價疫苗覆蓋七種高危型16/18/31/33/45/52/58和兩種低危型6/11，可預防約90%的宮頸癌及更多癌前病變。
2、適用年齡：
二價疫苗國內批準接種年齡為9-45歲女性。四價疫苗適用20-45歲女性群體。九價疫苗在國內最初僅批準16-26歲女性接種，近年部分國家已擴展至9-45歲男女通用，但國內仍以說明書批準范圍為準。
3、接種程序：
三種疫苗均需接種三劑次。二價采用0、1、6月程序，四價和九價采用0、2、6月程序。對于15歲以下接種者，部分國家允許九價疫苗兩劑次程序0、6-12月，但國內目前仍執行三劑次標準方案。
4、保護效力：
二價對HPV16/18相關癌前病變保護效力達93%。四價除相同癌前病變防護外，對生殖器疣的保護效力為99%。九價在四價基礎上，對額外五種高危型別導致的宮頸病變保護效力達97%，且抗體滴度較四價更高。
5、接種選擇：
優先推薦適齡人群接種九價疫苗以獲得最廣譜防護。若九價不可及，已婚女性可選擇四價疫苗兼顧生殖器疣預防，未婚女性選擇二價疫苗更具性價比。男性目前僅四價和九價被部分國家批準用于預防肛門癌和生殖器疣。
接種HPV疫苗期間建議保持均衡飲食，多攝入富含維生素A、C、E的深色蔬菜和水果，適度進行有氧運動增強免疫力。完成全程接種后仍需定期進行宮頸癌篩查，因疫苗不能覆蓋所有高危型別。不同價型疫苗不建議混種，若已開始接種某價型應完成同一系列。接種后可能出現局部紅腫、低熱等反應，通常48小時內自行緩解。
