芎菊上清丸與部分藥物存在配伍禁忌，需避免與解熱鎮痛藥、降壓藥、抗凝藥、鎮靜催眠藥及含相同成分的中成藥合用。
1、解熱鎮痛藥：芎菊上清丸含川芎、菊花等活血成分，與布洛芬、對乙酰氨基酚等非甾體抗炎藥聯用可能增強抗血小板作用，增加消化道出血風險。兩類藥物均需通過肝臟代謝，合用可能加重肝臟負擔。
2、降壓藥：該中成藥中的羌活、防風具有擴張血管作用，與硝苯地平、卡托普利等降壓藥聯用可能導致血壓驟降。高血壓患者需監測血壓變化，間隔2小時以上服用。
3、抗凝藥物：川芎嗪與華法林、阿司匹林等抗凝藥協同作用可能引發出血傾向。服藥期間需定期檢查凝血功能，出現皮下瘀斑、牙齦出血應立即停藥。
4、鎮靜類藥物：方中白芷、細辛與地西泮、艾司唑侖等中樞抑制劑合用可能增強鎮靜效果，導致嗜睡、注意力下降。駕駛員或高空作業者需特別注意用藥間隔。
5、同類中成藥：避免與正天丸、通天口服液等含相似成分藥物聯用，防止川芎、羌活等成分過量蓄積。中藥復方制劑成分復雜，聯合用藥需中醫師辨證指導。
日常用藥期間需記錄用藥清單，避免飲酒及辛辣食物。服藥后出現心悸、眩暈等不適需及時就醫，慢性病患者聯合用藥前應咨詢醫師。建議服藥期間保持適度有氧運動如快走、太極拳，飲食以清淡易消化為主，多攝入富含維生素K的菠菜、西蘭花以調節凝血功能。
